Muertos los últimos soberanos muiscas (Sagipa y Aquiminzaque), los caciques y el pueblo se alzaron tardíamente contra los nuevos dominadores hasta 1542 cuando el conquistador Gonzalo Suaréz Rendón finalmente sofocó los últimos movimientos de resistencia. Inicialmente la confederación fue repartida por Belalcázar, Federmann y Quesada hasta que la corona designó a éste último como adelantado de los cabildos de Santa Fe (sic) y Tunja.

Desde 1500 adC arribaron a la región grupos de agricultores portadores de tradiciones cerámicas incisas provenientes de las tierras bajas que inician la ocupación a través de los valles de vertiente. Estos grupos tienen viviendas permanentes y campamentos estacionales. Entre sus actividades económicas se destaca la explotación de fuentes de aguasal. En el sitio de Zipacón son reconocibles las evidencias de agricultura y alfarería más antiguas de la altiplanicie, y datan del año 1.270 adC.

Entre el 500 adC y el año 800, llegó una nueva oleada de pobladores al Altiplano Cundiboyacense cuya presencia está indicada por cerámica pintada y por obras de adecuación agrícola y de vivienda. Estos grupos permanecen hasta la época de la conquista española y han dejado abundantes huellas de su ocupación mediante las cuales y con la ayuda de los testimonios escritos del siglo XVI se puede reconstruir en forma detallada su modo de vida y organización sociopolítica. Al parecer los muiscas se integraron a la población que estaba antes que ellos, pero fueron los muiscas los que definieron el perfil cultural y la lengua estrechamente relacionada con la de los pueblos de la Sierra Nevada de Santa Marta (Kogui, Ijka, Wiwa y Kankuamo) y la vertiente de la Sierra Nevada del Cocuy (U'wa).

Tanto las construcciones cónicas como las rectangulares tenían puertas y ventanas pequeñas. En el interior el moblaje era sencillo y consistía principalmente en camas hechas también de cañas, llamadas barbacoas, sobre las cuales se tendía gran profusión de mantas; los asientos eran escasos pues los indígenas solían descansar en cuclillas en el suelo. Además de las casas comunes existían otras dos clases de construcciones: una para los señores principales, probablemente jefe de tribu y de clan, y otras para los jefes de las confederaciones chibchas, como los Zaque y los Zipas.

Tanto las construcciones cónicas como las rectangulares tenían puertas y ventanas pequeñas. En el interior el moblaje era sencillo y consistía principalmente en camas hechas también de cañas, llamadas barbacoas, sobre las cuales se tendía gran profusión de mantas; los asientos eran escasos pues los indígenas solían descansar en cuclillas en el suelo. Además de las casas comunes existían otras dos clases de construcciones: una para los señores principales, probablemente jefe de tribu y de clan, y otras para los jefes de las confederaciones chibchas, como los Zaque y los Zipas.

Tanto las construcciones cónicas como las rectangulares tenían puertas y ventanas pequeñas. En el interior el moblaje era sencillo y consistía principalmente en camas hechas también de cañas, llamadas barbacoas, sobre las cuales se tendía gran profusión de mantas; los asientos eran escasos pues los indígenas solían descansar en cuclillas en el suelo. Además de las casas comunes existían otras dos clases de construcciones: una para los señores principales, probablemente jefe de tribu y de clan, y otras para los jefes de las confederaciones chibchas, como los Zaque y los Zipas.

La mitología muisca estaba muy bien documentada gracias a que el territorio de la Confederación Muisca fue escogido como sede de la administración colonial en una nueva unidad administrativa de un territorio más vasto conocido como Nuevo Reino de Granada. Ese factor permitió que los más destacados cronistas se establecieran en Bogotá y recopilaran mucha información de primera mano.

• Xué (El Sol): era el padre del partenón muisca y su templo estaba en Sugamuxi o Suamox (Sogamoso), ciudad sagrada del sol. Era este el dios más venerado, especialmente por los súbditos del Zaque que se consideraban hijos de Xué.
• Chía (La Luna): su templo estaba en lo que hoy conocemos como el municipio de Chía y era venerada especialmente por los súbditos del Zipa, que se consideraban sus descendientes.
• Bochica: este misterioso personaje no era propiamente un dios, pero era digno de gran veneración. Como sucede con seres mitológicos de otros pueblos, quizá se trate de un antiguo jefe o héroe inmortalizado en los relatos que protagoniza. Dice de él el relato que en la sabana, vivían los muiscas, pero se habían cansado de las inundaciones, que podían ser causadas o por Huitaca, la hermosa y malvada mujer, o Chibchacum, el protector de los agricultores. Entonces, del cielo salió un arcoiris, y de él bajó un hombre blanco, con barbas blancas y túnica. Éste dijo llamarse Bochica y les enseñó a tejer. Bochica escuchó las quejas de los Muiscas sobre las inundaciones, y con su bastón de oro partió dos piedras al borde del precipicio donde terminaba la Sabana y salió toda el agua, creándose el Salto de Tequendama. Bochica castigó a Huitaca y Chibchacum, la primera convirtiéndola en lechuza, y obligándola a cargar el cielo. A Chibchacum, lo obligó a cargar la tierra, y cada vez que se la cambia de hombro, la tierra tiembla Se creía que los Zipas eran descendientes de la luna (Chía) y los Zaques del sol (Xué).
• Bachué: la madre de los muiscas. Dice de ella el relato que un día, de la laguna de Iguaque, salió una mujer esbelta y bella, con un niño en sus brazos. Ella (Bachué), se sentó a la orilla de la laguna y esperó hasta que su hijo creciera. Cuando este alcanzó la edad suficiente, se casaron y tuvieron muchos hijos, siendo estos hijos los muiscas. Bachué les enseñó a cazar, cultivar, respetar las leyes y adorar a los dioses. Bachué fue tan buena, que los mismos muiscas se referían a ella también como Furachoque (Mujer Buena, en Chibcha). Cuando ya eran muy viejos, Bachué y su Hijo-Esposo decidieron volver a Iguaque y se convirtieron en serpientes sumergiéndose en el lago. Ese día los muiscas, a pesar de su tristeza sabían que Bachué, su madre, era feliz. De la leyenda existen otras versiones. Por ejemplo aquella que dice que después de sumergirse en Iguaque, Bachué asciende al cielo para converirse en Chía, mientras que en otros versiones Chía es una diosa diferente de Bachué.

Ruinas de un antiguo observatorio solar muisca en las cercanías de Villa de Leyva, sitio "El Infiernito"

Los muiscas constituían y constituyen una sociedad agrocerámica y manufacturera perteneciente a la región andina del norte de Suramérica. La manera de organización política ya descrita los hacía una unidad cultural compacta y disciplinada. Los aportes de los muiscas a la identidad nacional colombiana hoy son incuestionables, más aún porque la Confederación Chibcha no era otra cosa que la máxima representación político-organizativa de una cultura y una familia linguística mayor. El estudio de la cultura muisca es motivo de permanente investigación y ello contribuye en parte a entender la identidad del colombiano.

Los sacerdotes se formaban desde la infancia y eran los responsables de dirigir las principales ceremonias religiosas. Nadie más que los sacerdotes podía entrar al interior del templo. La religión muisca contemplaba los sacrificios humanos, pero es probable que a la llegada de los españoles estos hubieran desaparecido tiempo antes y los relatos de sacrificios humanos entre los muiscas sean historias transmitidas por tradición oral, pues no existe un testimonio de primera mano que mencione un sacrificio humano contemporáneo a la presencia de los españoles. En todo caso las fuentes coinciden en que cada familia debía ofrecer un hijo a los sacerdotes, el cual era criado por ellos como persona sagrada y a los 15 años era sacrificado a Xué, lo que constituía un honor para la familia y para la víctima. Junto a las actividades religiosas, los sacerdotes participaban de la vida de la comunidad con recomendaciones acerca de la agricultura o mediando en casos de conflicto entre los líderes políticos.

• Esmeraldas: aún hoy Colombia es el primer productor mundial de esmeraldas y son tenidas entre las más preciadas del planeta. Estas vienen del territorio que constituía la Confederación Chibcha.
• Las minas de cobre.
• Carbón: tanto vegetal como mineral. Hoy todavía se siguen explotando minas de carbón, por ejemplo en Zipaquirá y en este producto Colombia es una de las principales reservas mundiales de carbón en el mundo.
• Sal: las minas de sal de Nemocón, Zipaquirá y Tausa.
• Oro: el oro era importado y llegó a ser tan abundante que fue material principal para la artesanía muisca (orfebrería) con fines religiosos. Este material dentro del territorio de la Confederación más la tradición de Guatavita crearían el mito de El Dorado.

Era una sociedad agrícola que tenía un complejo sistema de regadíos. Otras actividades económicas fundamentales eran la orfebrería y la cerámica. Se conservan piezas únicas del arte precolombino muisca de figuras de extraordinaria fineza.

De manera muy especial hay que mencionar la producción textil muisca. Al respecto dice Paul Bahn que las culturas andinas dominaron todas las técnicas de tejido y decoración y ya para el 3000 adC habían desarrollado los textiles de algodón y producían tejidos de extraordinaria delicadeza superiores en muchos casos a los contemporáneos. De los muiscas, citando a la arqueóloga Sylvia Broadbent quien estudió tejidos pintados de algodón, concluye que las técnicas eran complejas para producir telas de una sola pieza con innumerables entretejidos y una capacidad de resistir el tiempo.

El mercado era sitio obligado de la economía de las comunidades, que practicaban la compra-venta y aun más el trueque. Allí se cambiaban productos de primera necesidad como el maíz, la sal, miel, frutas, granos y mantas e incluso artículos de lujo como plumas de pájaro, cobre, algodón, coca y caracoles marinos importados desde el territorio Tayronas. Bacatá, Chocontá Pacho y Hunza tenían los más grandes mercados de todo el territorio. La moneda general eran unos "tejuelos" redondos de oro, aunque esmeraldas, sal, coca y mantas de algodón también fueron usadas como equivalentes monetarios o para facilitar el trueque.

Confederación (Zipa o Zaque)

               --> Sacerdotes (Chyquy))

                     --> Cacicazgos (Cacique Uzaque)

                                  --> Capitanía (Capitán)

                                               --> Sybyn

                                                     --> Uta  

• Territorio del Zipa (Dividido en cuatro partes):

1. Cacicazgo de Bacatá: Funza, Tenjo, Subachoque, Facatativá, Tabio, Cota, Chía, Cajicá, Zipaquirá, Nemocón, Engativá, Bosa, Soacha y Zipacón.
2. Cacicazgo de Guatavita: Guatavita, Sesquilé, Guasca, Sopó, Usaquén, Tuna, Suba, Teusacá, Gachetá, Chocontá y Suesca entre otras.
3. Cacicazgo de Ubaque: Ubaque, Choachí, Chipaque, Cáqueza, Usme
4. Cacicazgos de Fusagasugá: Fusagasugá, Pasca y Tibacuy.
5. Cacicazgos de Ubaté: Ubaté, Cucunubá, Simijaca, y Susa.

• Territorio del Zaque: Hunza, Ramiriquí, Machetá, Moniquirá, Tenza, Sutatenza, Somondoco, Soratá, Tibirita, Lenguazaque y Turmequé.

• Territorio del Tundama: Duitama, Tobasía, Paipa, Cerinza, Ocavita, Onzaga, Soatá, Ibacucu, Sativa y Tibaná, entre otras.

• Territorio del Iraca: Sogamoso, Bombaza, Busbanza, Chipatá, Pesca, Pisba, Tópaga, Toca entre otras.

• Cacicazgos autónomos: Saboyá, Charalá, Chipatá y Saquencipa, Tacasquira, Tinjacá, entre otros.

• La confederación de Guanentá no era de Muiscas, sino de Guanes, y la de Cocuyde Tunebos, pueblos ambos de lenguas Chibchas, pero diferentes.

La legislación muisca estaba basada en la consuetudine, es decir, en la fuerza de la tradición. Un determinado comportamiento más o menos aceptado por el común y aprobado por la máxima autoridad (Zipa o Zaque), era tenida por todos como fuerza de ley. En tal sentido dicha manera de legislar corresponde naturalmente al modo organizativo de una confederación y de esta manera la normatividad muisca tenía un admirable nivel administrativo. Los recursos naturales no podían ser privatizados. Bosques, lagunas, páramos, ríos y recursos naturales en general pertenecían al bien de todos.

El idioma muisca (muysk kubun) era parte de la familia lingüística Chibcha .Cultivaban maíz, papa, quinua y algodón, entre otros. Excelentes orfebres, practicaban el trueque de mantas, sal, cerámicas, coca y esmeraldas con pueblos vecinos y de las riberas del Río Magdalena.